キャッシュレス決済に係る決済手数料の消費税の課否判断は非常に複雑です。

クレジットカード決済に係る決済手数料については
国税庁サイトで公表されている質疑応答事例集があります。
https://www.nta.go.jp/law/shitsugi/shohi/06/02.htm
この事例は、加盟店が信販会社に対して商品代金という『金銭債権』を譲渡し、
譲渡代金を受取っているケースです。
このような場合の決済手数料は、金銭債権の譲渡ということで、
消費税は非課税として取扱われます。

気をつけていただきたいのは、加盟店が信販会社と直接契約ではなく、
決済代行会社を通しているケースです。
このような場合には、決済代行会社に対して『金銭債権』を譲渡しているわけではないので、
決済代行会社に支払う決済手数料に係る消費税は課税として捉えられます。

また、この他『金銭債権』を譲渡しないケースが存在します。
いわゆる“チャージ”方式のキャッシュレス決済手段を用いた場合の決済手数料です。
こちらも、消費税が“課税”になります。
代表的な決済手段ですと、交通系電子マネー、
LINE Pay、Alipay、WeChat Pay、d払いなどです。

以上をまとめると、次のとおりです。